Encerrada en un calabozo y después de ser torturada por sus perseguidores, Santa Margarita fue devorada sin piedad por un nauseabundo dragón. Sin embargo, desde las entrañas del monstruo, Margarita se encomendó a Dios haciendo la señal de la cruz, tras lo cual éste se fue desgarrando de arriba a abajo hasta que finalmente explotó, permitiendo que la dama saliera al exterior. En ese preciso instante, la mazmorra resplandeció con una luz clarísima y divina.

La victoria de Margarita ante el dragón es totalmente diferente a la de San Jorge y a la de otros héroes masculinos (Sigfrido, Perseo, etc.) porque la santa primero es engullida, tragada y tiene que descender a las entrañas del monstruo para después emerger victoriosa.

En este sentido, la historia de Santa Margarita se asemeja más a la de Jonás y la ballena en el Antiguo Testamento, que -como bien señala Manly Palmer Hall- «es realmente una leyenda de iniciación en los Misterios». Este evento tiene su correspondencia en el Nuevo Testamento, cuando el Cristo es colocado después de su la crucifixión en el santo sepulcro, desde donde bajó a los infiernos, tal como señala San Mateo: «Porque como estuvo Jonás en el vientre del gran pez tres días y tres noches, así estará el Hijo del Hombre en el corazón de la tierra tres días y tres noches».