Esta es una condición en la cual el epitelio escamoso del esófago es reemplazado por epitelio cilíndrico metaplásico que contiene células caliciformes y cilíndricas (metaplasia intestinal especializada). Paradójicamente, un tercio de los pacientes informan síntomas mínimos o nulos de ERGE, lo que sugiere una disminución de la sensibilidad al ácido del epitelio de Barrett. El esófago de Barrett debe tratarse con IBP a largo plazo una o dos veces al día para controlar los síntomas de reflujo. Aunque estos medicamentos no parecen causar la regresión del esófago de Barrett, pueden reducir el riesgo de cáncer. 

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