Gilles de Rais nació, muy probablemente, hacia finales del año 1405 en la «Torre negra» del castillo de Champtocé, posesión de su poderosa familia, situado en la región de Países del Loira. Tuvo una infancia tranquila y resultó ser un niño inteligente y talentoso. En 1414 falleció su madre Marie de Craon y un año más tarde desapareció su padre, el poderoso Guy II de Laval, ambos de insignes linajes de Francia. Por otra parte, Gilles era sobrino nieto del legendario caballero Du Guesclin, que tanto se había distinguido luchando contra los ingleses en época del rey Carlos V de Francia. Sin embargo, Guy II de Laval había redactado en su lecho de muerte su testamento, en el que confiaba la tutela de sus hijos Gilles y René a su cuñado Jean II Tournemine, prohibiendo tajantemente que fuesen criados por su abuelo Jean de Craon. Pero este quebró dicho testamento y ambos adolescentes le fueron finalmente confiados, estando bajo su tutela.
En su imponente biografía sobre Gilles de Rais, el abad Eugène Bossard asevera que la educación de ambos adolescentes fue del todo deplorable. Georges Bataille escribe en que Jean de Craon era un «hombre violento y sin escrúpulos» que le dejaba hacer lo que se le antojaba, poniéndole su ejemplo… y le enseñó a sentirse por encima de las leyes». Hecho que más tarde confirmó Gilles de Rais. A pesar de dichas lagunas, Gilles consiguió hablar latín con fluidez, logrando adquirir una instrucción sólida y un notable desarrollo intelectual. Le apasionaban los autores de la Antigüedad y leía frecuentemente de san Agustín, las de Ovidio, las obras morales de Valerio Máximo o la obra enciclopédica del monje franciscano Bartolomeo escrito en el siglo XIII.
