La trama transcurre en el año 1984. Masami Aomame, fisioterapeuta y profesora de gimnasia, viaja en un taxi pero va retrasada y, por sugerencia del taxista, sale del vehículo, cruzando por un acceso restringido. Este suceso aparentemente desencadena algo extraño, pues de pronto parece estar en otra versión del año, a la que ella denomina 1Q84 (la "Q" fonéticamente en japonés suena igual al número nueve).
Tengo Kawana es un corpulento profesor de matemáticas, soltero. Tengo trabaja por horas en un colegio y en sus ratos libres escribe novelas, sin que hasta el momento haya podido publicar ninguna. En este contexto su editor, Yūji Komatsu, le pide revisar una obra escrita por una jovencita de diecisiete años, de nombre Eriko Fukada, pero contractado es "Fukaeri".
La novela le impresiona a Tengo, pero señala que está muy mal escrita y Komatsu le propone que la corrija y la reescriba, a lo que inicialmente Tengo se opone, pero termina accediendo tras conocer a Fukaeri, que lo impresiona mucho.
Se descubre que Aomame, además de ser una atleta y entrenadora, es también una asesina a sueldo, contratada por una misteriosa y rica dama que la utiliza para matar hombres que maltratan a sus mujeres.
Aomame en algún momento observa extrañada que hay cambios astronómicos que no entiende y que existen sucesos muy importantes de los cuales no se recuerda, pero mantiene bajo control sus dudas en una aparente normalidad, aunque sabe que ese mundo no es el que conocía.
Los capítulos se van alternando entre uno y otro protagonista, desvelando dos tramas paralelas que en determinado momento se encuentran influenciados o relacionados por una entidad común, la comunidad religiosa llamada "Vanguardia".