En 1877, Billy se mudó a Lincoln (Nuevo México), donde se empleó como vaquero en el rancho de John Tunstall, un ranchero y hombre de negocios inglés y de su socio Alexander McSween, un conocido abogado.

En este contexto, se produce la llamada Guerra del condado de Lincoln, donde a raíz de conflictos entre Tunstall y McSween con otro hombre de negocios del lugar llamado L. G. Murphy (que era miembro del Ring of Santa Fe, poderoso grupo formado por políticos, jueces, empresarios, ganaderos y militares que controlaban el territorio de Nuevo México con métodos mafiosos). Tunstall se había aliado con John Chisum, también importante ganadero, para enfrentarse con el Ring . El Ring contrató al sheriff William Brady que con sus ayudantes asesinaron en una emboscada a Tunstall. El ranchero asesinado había sido considerado como un nuevo padre por Billy, el cual junto con trabajadores y amigos obtuvieron órdenes de detención, concedidas por el juez Wilson de Santa Fe, contra los asesinos de Tunstall, formando un grupo de persecución que fue conocido por Los Reguladores. Dichas ordenes fueron posteriormente anuladas por el Juez del Distrito que era partidario de Murphy, quedando el grupo en situación ilegal.

Billy mató al sheriff Brady y a su ayudante en la calle principal de Lincoln, huyendo a Texas.

Tras su fuga, Billy se dedicará al abigeato, junto a viejos amigos Reguladores y nuevas incorporaciones. La banda será conocida como The Rustlers (‘los cuatreros’).

Pat Garrett había ganado un año antes las elecciones para sheriff de Lincoln, lo cual, unido a su cargo de marshall del territorio concedido por el gobernador Wallace y ante las presiones del "Ring of Santa Fe", el agente de la ley inició la persecución de McCarty por el que se le ofreció una recompensa de 500 dólares. El grupo de Garret capturó a Billy (de 18 años) en diciembre de 1880 en la localidad de Stinking Springs, siendo juzgado y condenado a muerte en Lincoln. En espera de la ejecución, el 9 de abril de 1881 Billy volvió a fugarse de la cárcel, esta vez matando a sus dos guardianes.

Pero tres meses después de su fuga, Garret y sus ayudantes cercaron a Billy en la proximidades de Fort Sumner, dándole muerte el 14 de julio en una situación confusa y de versiones contrapuestas, que van desde el asesinato a incluso la de que el cadáver no era el de Billy the Kid. Pero hay teorías que dicen que Garret le quiso dar muerte en su propia casa, pero no estaba sólo, sino acompañado de su mujer de rasgos mexicanos. Billy salió de la casa para ir al corral por comida y entre la oscuridad se encontró a Garret, quien le apuntó con el revolver y Billy le convenció y éste bajó el arma. Billy cogió lo que tuvo en mano (cuchillo) y se fue por una calle oscura, miró atrás repetidas veces por si le seguían y en una de las calle oscuras que se metió le esperaba una escopeta que le apuntaba en el estómago. La escopeta abrió fuego y Billy cayó al suelo boca arriba, posiblemente sin saber quién lo mató.