Existen múltiples factores que predisponen alteraciones en la microbiota del organismo o disbiosis; entre estos: enfermedades crónicas, uso de antibióticos, alimentación inadecuada por largos períodos, estrés, entre los más relevantes. Esto no es algo que se pueda pasar por alto ya que como consecuencia pueden ocurrir infecciones y graves daños al tejido intestinal. Esta condición se ha asociado también a trastornos como alergias e incluso obesidad. 
Una alternativa para tratar la disbiosis es el trasplante de bacterias de las heces de un individuo sano. 
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