Juan José Paso era hijo de un panadero llamado Domingo del Passo, nacido en Rivas de Mary, en la Puebla de Bugallido, del municipio de Negreira (La Coruña), que llegó a hacer alguna fortuna y que contribuyó con algunos de sus hijos en la construcción de la iglesia de San Francisco, frente al solar donde estaba ubicada su casa.
Estudió en el colegio Monserrat, de Córdoba, donde conoció a Juan José Castelli. Se doctoró en leyes en 1779 en la Universidad de Córdoba, y permaneció dos años más enseñando filosofía.
Al regresar a Buenos Aires fue designado profesor de filosofía en el Real Colegio de San Carlos y Agente Fiscal de la Real Hacienda. Fue uno de los fundadores del pueblo de San José de Flores, actual barrio de Flores, en Buenos Aires.
Sus hermanos Vicente José, Francisco e Ildefonso colaboraron en la Reconquista y Defensa de la ciudad cuando se produjeron las invasiones inglesas, mientras Juan José ejercía su profesión en Lima, la capital del Virreinato del Perú, donde se había instalado para hacer algunos negocios —con poca suerte— en una mina de oro.
De regreso al Río de la Plata, se unió al grupo de revolucionarios que aspiraban a que el Virreinato del Río de la Plata tuviese una mayor autonomía respecto a España.
Al igual que Manuel Belgrano y Juan José Castelli, fue partidario del carlotismo y consideró que dicha meta podría alcanzarse con la coronación de la princesa Carlota Joaquina de Borbón, hermana del rey Fernando VII y esposa del rey Juan VI de Portugal.
Secretario de la Primera Junta
El Cabildo abierto del 22 de mayo de 1810 según Pedro Subercaseaux: se representa a Paso tomando la palabra. Juan José Paso participó en la Revolución de Mayo y se destacó en el cabildo abierto del 22 de mayo de 1810, pronunciándose por la remoción del virrey Baltasar Hidalgo de
