Después de seis semanas en Tidore, la armada emprende el regreso, pero una vía de agua impide que la Trinidad pueda hacerse a la mar. Deciden entonces que la nao será reparada en la isla hasta que pueda partir hacia el estrecho de Magallanes. La Victoria, con Elcano como capitán, zarpa entonces con rumbo al Cabo de Buena Esperanza, arriesgándose a surcar los dominios marítimos de Portugal.