Durante la administración de Cienfuegos en la Secretaría de la Defensa Nacional ocurrieron dos hechos que conmocionaron al país, eventos en los que miembros del ejército participaron: la ejecución extrajudicial de 22 civiles en Tlatlaya, Estado de México, y la desaparición de 43 estudiantes normalistas de Ayotzinapa, ambos ocurridos en junio y septiembre de 2014, respectivamente.