Entre los expedientes sustraídos del AGN o nunca entregados por el Cisen-CNI figuran de asesinatos políticos, como los de Luis Donaldo Colosio, Ruiz Massieu y Manuel J Clouthier; las investigaciones contra movimientos armados, como el EZLN y el Partido de los Pobres; los expedientes de personajes relacionados con el narcotráfico, como Ernesto Fonseca, Miguel Ángel Félix Gallardo y Enrique Camarena; los seguimientos a periodistas, como Manuel Becerra Acosta y a políticos como Cuauhtémoc Cárdenas y Rafael Aguilar Talamontes