Su padre, Salvador Cayetano de Alberdi Egaña, era un comerciante vasco, nacido el 7 de julio de 1757 en Guetaria, Guipúzcoa, hijo de Manuel Ventura de Alberdi Elcano y Magdalena de Egaña Larzabal. Fue dueño de una importante pulpería, que había dirigido una de las cuatro compañías que organizó José Ignacio Garmendia y Alurralde para la defensa de Buenos Aires en las Invasiones Inglesas. Su madre, Josefa Aráoz y Balderrama, una criolla que falleció a causa del parto de Juan Bautista, era miembro de una de las más importantes familias tucumanas.
■ Su familia apoyó la Revolución de Mayo desde sus inicios y su padre frecuentaba al general Manuel Belgrano cuando éste estaba al mando del Ejército del Norte. Salvador Cayetano Alberdi Egaña falleció en 1822, y su hijo Juan Bautista quedó al cuidado de sus hermanos mayores.
Estudios
Se trasladó desde muy joven a Buenos Aires, donde estudió en el Colegio de Ciencias Morales, gracias a una beca de estudio otorgada por la provincia de Buenos Aires. Abandonó prematuramente sus estudios en 1824 debido a que no se adaptó a las exigencias de la enseñanza. En esos años se desarrolló su gusto por la música.
■ Se empleó como ayudante de comercio en la casa de Juan B. Maldes, que había sido colaborador de su padre, y cuyo negocio se encontraba enfrente de su colegio. Dado que veía diariamente a sus compañeros, pronto se arrepintió y retomó sus estudios, cursando en el departamento de jurisprudencia en la Universidad de Buenos Aires. Siguió sus estudios en la Universidad de Córdoba, aunque no los completó en esa época: los continuó en Montevideo en 1840 y obtuvo su título de doctor en jurisprudencia durante su estadía en Chile.
■ En esos años