Ha pasado 1 año y 2 meses después de los acontecimientos de Halo 5: Guardians. La UNSC Infinity fue invadida y atacada por fuerzas de los Desterrados cerca de la Instalación 07 (Zeta Halo) con el Jefe Maestro despejando una zona de evacuación para ser atacado y derrotado por Atriox, líder de los Desterrados, dejando al Jefe a la deriva en el espacio mientras que Fernando Esparza escapa en un Pelican.
Han pasado 6 meses desde el ataque a la Infinity. Esparza encuentra al Jefe varado en el espacio y lo lleva al Pelican, despertándolo, para contemplar que una parte de Zeta Halo fue destruida siendo interrumpidos por un rayo de tracción de una nave Desterrada. El Spartan rapidamente arriba a la nave de guerra Gbrrakon con intenciones iniciales de desactivar el rayo a destruir la nave, siendo captado por Escharum como holograma, quien lo incita a seguir luchando y morir bien. Ya con la nave destruyéndose, el Jefe escapa y se reúne con el piloto, informándole que necesita recoger un arma en el anillo.
Ambos se dirigen a los cimientos del anillo, abriéndose paso a través de pasillos y salas para encontrarse con El Arma, una nueva Inteligencia Artificial creada a partir de la información cerebral de Halsey recuperada en Reach meses atrás, funcionando como la sucesora de Cortana. El Arma menciona que cumplió su misión de encerrar a Cortana, pero que algo evitó su autodestrucción programada al completar su misión, por lo que ambos se abren paso hacia la salida, enfrentando a Tremonius y despejando su base para que el piloto pueda aterrizar. Al reencontrarse Esparza con John, éste se asusta al ver al Arma pensando que es Cortana mientras se frustra al ver que esto aún continúa mientras reciben una llamada de auxilio del UNSC.
El piloto lleva al Jefe cerca de una torre Desterrada con el Spartan eliminando enemigos para contemplar la aparición (holográfica) de Chak 'Lok. El Jefe sube a la torre para encontrarse con una Armadura Mark VII perteneciente al Spartan Hudson Griffin, de quien venía la señal y que sorprendentemente estaba vivo, por lo que el Jefe sube más para liberarlo no sin antes enfrentarse y matar a Chak 'Lok.