Tras tener que huir de México, Omar Gómez Trejo es invitado a seguir trabajando en el caso Ayotzinapa, ahora desde Washington, y se obsesiona analizando el expediente. En México, los tiempos cambian, y llega un presidente que habla con las familias de los desaparecidos y promete justicia. Su primera decisión es crear una comisión de la verdad que atienda el caso, y luego una fiscalía que reabra la investigación. Gómez Trejo vuelve al país y acepta ser el nuevo fiscal, pero enfrenta una gran resistencia interna.. A la par, aparecen videos que demuestran que en el gobierno anterior hubo tortura para arrancar confesiones. En uno de esos videos se ve al que fue jefe de la Agencia de Investigación Criminal, Tomás Zerón, en un interrogatorio. Ya como fiscal, Gómez Trejo logra que un juez ordene su detención, pero llega tarde y Zerón huye a Israel. Con nuevas pistas, se logra encontrar los restos de dos estudiantes más, con lo que en 7 años se han identificado a tres de los 43 desaparecidos. Las familias dan la bienvenida a estos cambios, pero creen que los avances son muy lentos. 

Después de Ayotzinapa es una co-producción de Adonde Media con Reveal y el Archivo de Seguridad Nacional de Estados Unidos, presentada por Animal Político. La investigación original de la serie corrió a cargo de Anayansi Díaz-Cortés y Kate Doyle. Encuentren todos los episodios en http://www.adondemedia.com/despuesdeayotzinapa y la versión de Reveal en inglés en https://revealnews.org/article/after-ayotzinapa/.