Johns Hopkins fue el segundo de 11 hijos de una pareja de cuáqueros, a cuyos antepasados el rey de Inglaterra había heredado tierras en Maryland, EUA. Si bien su oficio era de granjeros, gozaron de una vida acomodada.
Cuando fue lo suficientemente mayor, Johns partió a Baltimore para ayudar a un tío en su comercio. Ahí conoció a sus dos grandes amores: su prima Elizabeth Hopkins (1802-1890) y los negocios, para los