El inicio de Gears of War 2 ocurre siete meses después de lo acontecido en Gears of War. A pesar de que gran parte de la horda locust fue derrotada tras la detonación de la bomba de masa ligera, la explosión también trajo severas consecuencias a la población humana al provocar que la imulsión (una sustancia fosforescente en estado líquido, que utilizan los humanos del planeta Sera como combustible) se vaporizara y emergiera del subsuelo causando una mortal enfermedad pulmonar a la raza humana la cual bautizaron como Neumonía Óxida. Mientras los humanos buscan sobrevivir a esta nueva amenaza, un nuevo y coordinado ataque locust logra hacerse con algunas capitales humanas, que lentamente van cediendo frente a la ofensiva enemiga. La humanidad cuenta entonces con un último refugio, la antes impenetrable meseta Jacinto, desde la que se planea un último y desesperado contraataque: excavar hasta los refugios de los locust que sobrevivieron al ataque de la bomba de masa ligera.
La Coalición de Gobiernos Organizados (CGO), es la fuerza militar del planeta Sera, que luchan contra los locust desde el Día de la Emergencia o Día-E, donde dichos locust emergieron de la tierra para atacar a los humanos del planeta Sera. La CGO organizó una resistencia, pero como dijo la Reina Locust: "... Ahora, la larga batalla contra su terrible destino...". Antes del Día-E, Sera estaba en total guerra civil por la imulsión.
Durante los setenta y nueve años en guerra la CGO se convierte en un partido político legítimo de menor importancia, fundado mucho antes de las guerras del péndulo por Alexi y Desipich, socialista fanático. El partido fue basado en una filosofía oscura del mundo-gobierno, la cual toma ocho valores fundamentales: orden, diligencia, pureza, trabajo, honor, lealtad, fé y humildad. Las guerras del péndulo finalmente terminaron cuando la CGO venció a la UIR (Unión de Repúblicas Independientes) estableció el control sobre la inmulsión, con las ciudades y la cultura volviendo a un planeta casi destruido.
Los problemas de energía se presentaron al cabo de poco tiempo, sin embargo, la CGO descubrió más Inmulsión que fue bombeada por todo el planeta Sera, con el cual, la CGO terminaría con los problemas de energía de Sera para siempre. Muchos creyeron que había llegado una nueva edad dorada, pero esta creencia fue machacada por aquello que ahora se llama Día de la Emergencia o Día-E.