La historia comienza propiamente en las afueras de la ciudad de Sedra, donde el Teniente Comandante Jameson Locke y su Equipo de cuatro hombres persiguen a un contrabandista Yonhet. Éste se reúne con un Sangheili Zealot y le entrega un dispositivo conocido por contener bombas. Los agentes de la ONI se separaron; Ramos atrapa al Yonhet mientras Locke va tras el Zealot. Locke sigue al Elite por un túnel de la ciudad, pero el Zealot escapa después de un breve duelo. En la ciudad, los operativos de la ONI Jordan Gaines y Mason Hundley están implementando protocolos de encierro, pero no impiden que el Zealot entre en un centro comercial. Locke se enfrenta al Sangheili e intenta obligarlo a rendirse, pero el Zealot se suicida lanzándose al vacío y activa el dispositivo. El arma libera un pulso de energía que cubre toda la ciudad y más allá, y parece inofensivo al principio. Sin embargo, los civiles pronto comienzan a mostrar síntomas de infección, a tener dificultades para respirar y sus venas obtienen un color oscuro. Gaines y Hundley, que se encontraban en las inmediaciones de la explosión, también se ven afectados y son llevados al Hospital de la Guardia Nacional de Sedra donde inicialmente el Coronel Aiken se niega a que los agentes sean internados debido a su disgusto por la ONI. Sin embargo, Locke convence al Coronel que se trate a los heridos.