En el comienzo del juego, el Jefe Maestro es premiado por su acciones en Halo, mientras que en Gran Caridad, la ciudad del Covenant, el Comandante Sangheili Thel 'Vadamee es castigado por permitir que el Jefe Maestro destruyera la Instalación 04.

Esto, en una audiencia presidida por los Profetas de la Verdad, del Pesar y de la Piedad, es donde acusan al Sangheili de hereje y lo castigan quemándole con la marca de la vergüenza en su pecho.
Cuando se hace la premiación en la Estación Cairo, se dan cuenta que una flota Covenant se acerca a la Tierra, por lo que Lord Hood le dice a la Comandante Miranda Keyes (hija de Jacob Keyes, quien murió en la Instalación 04 a manos del Flood) que aborde su nave y detenga la invasión; Lord Hood se muestra desencajado por la flota tan reducida del Covenant que se acerca a la Tierra siendo sólo 15 naves de línea, asegurando que la flota que destruyó Reach era 50 veces más grande, pero al detectar naves de abordaje "por montones" deduce que la estrategia del Covenant es inutilizar los Cañones MAC para que las naves de línea tengan vía libre a la Tierra, por lo que le pide a John-117 que proteja la Estación Cairo del Covenant. El Covenant aborda la estación y planta una bomba, pero el Jefe logra detenerla e incluso se la devuelve al Covenant. Una sola nave logra llegar a la Tierra. En esa nave está el Profeta del Pesar, que va directo al sur de África, hacia Nueva Mombasa. En ese momento, el Jefe y Johnson (superviviente de Halo: Combat Evolved) llegan ahí con la intención de abordar el trasporte del Profeta del Pesar, pero son derribados por un Scarab que ataca la ciudad al que finalmente destruye el Jefe Maestro en Nueva Mombasa. Mientras hacen esto, ven que la nave de Pesar está huyendo. La comandante Keyes en su nave recoge al Jefe y se aventuran a seguir al profeta. Mientras tanto, en Suma Caridad, los profetas le otorgan perdón al comandante con la condición de que sea el nuevo Inquisidor (este era el único puesto en el que él podía seguir sirviendo ya que estaba deshonrado), él acepta, comprometido a destruir a los herejes. Él y una flota de Phantoms se dirigen a una instalación Forerunner, en el planeta de Threshold, donde un grupo de herejes se instaló, intentan perseguir a su cabecilla, descubriendo que hay Flood en la instalación. Una vez que lo encuentran, el hereje les dice que no se dejen llevar por las palabras de los profetas. En esto aparece 343 Guilty Spark (que también sobrevivió a la explosión de Alpha Halo). El hereje le dice al Inquisidor que gracias al Oráculo (343 Guilty Spark) pudo ver la verdad. El Inquisidor rehúsa hacer caso y mata al hereje. En esto, Tartarus (cabecilla de los Brute) captura al Oráculo y le dice al Inquisidor que se suba al Phantom.